Tại"thành phố gakuen" khổng lồ nằm ở phía Tây Tokyo, một chương trình giảng dạy đặc biệt để phát triển sức mạnh siêu nhiên của học sinh sẽ được thực hiện. Đương kim của những người tài giỏi - Accelerator là một"thí nghiệm" lập dị và bị đánh bại sau khi tìm kiếm quyền lực tuyệt đối. Và nhờ cuộc gặp gỡ với một cô gái, số phận của anh sẽ thay đổi đáng kể ...